本系現有專任教師人數14人，生師比日間計算是19.0(校19.15)，研究所是3(校5.0)，二項計算結果均符合教育部「大學校院增設調整院系所學位學程及招生名額總量發展審查作業要點」所訂定之標準。本系為確保學生之本位學習的成效考量，在教師遴聘、課程規劃、學習環境與學習成效評量，都有一整體合理的規劃機制，以嚴謹的審查機制來遴選能符合系所教育目標需求之優質教師。
　　本系教師之專長研究與發展方向分為動力機械工程、系統感測與控制工程、生物材料與生醫工程等三個領域以滿足系所學生學習與未來深造就業之需求來建立特色實驗室，其教學與研究方向如下所述：

【動力機械工程】

1. 熱系統工程實驗室(負責人-林正亮老師)：利用機電技術於熱系統工程上之應用，並發展視窗程式應用於熱系統的監測與控制。
2. 工程材料特性實驗室(負責人-連振昌、邱永川老師)：工程與生醫材料特性之量測與分析。
3. 機電整合實驗室(負責人-朱健松老師)：利用機電技術建立學生完整之機電整合控制系統概念及分析與設計的能力，期使能達到實作能力和經驗之培養。
4. 產品開發工程實驗室(負責人-黃文祿老師)：整合生物、食品、機械、電子、電機、能源、資訊、感測與檢測、控制系統、訊號技術及微機電相關技術應用於新產品與機械設備之研發。
5. 氣壓邏輯控制實驗室(負責人-連振昌老師)：機電系統中之氣壓控制技術，教授氣壓迴路、感測元件應用與電子控制器整合之氣壓邏輯控制技能。
6. 曳引機實驗室(負責人-朱健松老師)：引導學生實際參與田間管理及農機操作，以培育具農業生產技術之實務專業人才，引進農村勞力新活水，維持農業永續生產。
   
7. 內燃機實驗室(負責人-黃文祿老師)：配合產業機械製程，將較低甚或無利用價值的林材製造成燃料，以探討此等製品在內燃機引擎與民生或工業製程的動力特性與廢氣組成，用以取代化石燃料的使用，以減少溫室氣體的排放，以及田間機械作業對作物的污染，使農機使用壽命延長，機械折舊減少、降低機械投資成本，增加農民收益。

【系統感測與控制工程】

1. 生物材料品質檢測實驗室(負責人-洪滉祐、連振昌老師)：進行生物產品及生醫材料之品質量測、分析與控制。
2. 精密量測實驗室(負責人-洪昇利老師)：利用精密量測技術於生物產業及動力機械元件上，輔以工程分析、統計分析及可靠度分析等理論，探討對於產業界應用之可行性。
3. 電腦視覺實驗室(負責人-黃膺任、吳德輝老師)：利用影像處理技術及人工智慧理論，在工業及生物產品之分析、辨識、檢測及空間定位之研究。
4. 電子邏輯電路實驗室(負責人-沈德欽、楊朝旺老師)：學習設計電子邏輯電路解決工程問題。

【生物材料與生醫工程】

1. 生物機電與細胞工程實驗室(負責人-艾群、楊朝旺、洪敏勝老師)：利用生物機電技術於生物產業與生醫工程上之應用，亦發展微機電技術應用於生物分子或細胞工程上之取樣、樣本傳輸、反應、分離及偵測等功能，並整合於微型晶片上，以達到整合系統之控制。
2. 生醫微熱流技術實驗室(負責人-洪敏勝老師)：應用微製程技術開發細胞與DNA操控之平台。如以靜電作用拉伸、固定DNA分子於基板上，同時以光電技術(雷射加熱、介電泳、電滲流)分析、操控DNA，並藉由酵素之作用，開發可剪切、修復生物分子之生物奈米技術。
3. 細胞力學實驗室（負責人-艾群老師）:以再生醫學組織工程之人工器官或生醫替代材料研究為主，研發出一系列在體外培植細胞以機械力刺激細胞生長自動化系統，如流體剪應力刺激細胞生長自動化系統、Z軸推拉機械力刺激細胞生長系統、X-Y軸拉伸機械力刺激細胞生長自動化系統；另研究利用物理方法檢測細胞特性。
4. 腦機界面實驗室(負責人：楊朝旺、艾群老師)：利用腦波信號之處理與分析技術，控制機電設備或系統，以輔助人體行為之研究。