本系前身為國立嘉義農業專科學校農業經濟科，後改制為國立嘉義技術學院農業經濟科。民國89年8月與國立嘉義師範學院合併成立國立嘉義大學，本系轉隸新成立的管理學院，並改名為應用經濟學系 。

　　民國93年6月，五專部正式結束。民國95年6月，研究所正式招生。本系目前全力發展學士班及碩士班課程。

　　本系目前有專任教師11名(含2名合聘教師)，包括：教授5名、副教授2名、助理教授(含專案)2名以及講師2名。為充實師資並提升教學研究水準，本系除由鄰近國立大學延聘多位兼任資深教授、副教授，以配合教學需要外，亦戳力於延聘國內外經濟相關領域，且具博士學位老師。