本系前身為國立嘉義農業專科學校農業經濟科,後改制為國立嘉義技術學院農業經濟科。民國89年8月與國立嘉義師範學院合併成立國立嘉義大學,本系轉隸新成立的管理學院,並改名為應用經濟學系 。
民國93年6月,五專部正式結束。民國95年6月,研究所正式招生。本系目前全力發展學士班課程。
本系目前有專任教師7名,包括:教授3名、副教授1名、助理教授1名以及講師2名。為充實師資並提升教學研究水準,本系除由鄰近國立大學延聘多位兼任資深教授、副教授,以配合教學需要外,亦戳力於延聘國內外經濟相關領域,且具博士學位老師。