公共政策研究所原為國防與國家安全研究所，於民國九十九年八月經核准正式更名為公共政策研究所。成立宗旨主要在培養行政管理、公共政策規劃與分析等方面，無論在理論研究及行政實務上兼備的人才為目標。同時為因應全球化、區域整合與地方治理等新公共管理趨勢的來臨，在課程教學上特別著重於理論與實務的結合以期符合新時代的要求。
    此外本所在課程設計上，強調行政管理、政策規劃、憲政與法制、區域發展與全球化等四大類方向為發展重點；著重在公法學、政治學、政策分析、行政管理學等學術理論的介紹與實務現況分析，並以此為基礎，開展以國家永續發展為目標的研究及教學任務。本所位於雲嘉南平原中樞的地理優勢，本校則為此區域重點綜合性大學，整合六大學院的師資支援，開創嘉義大學公共政策研究所的未來發展與定位。