本系前身為國立嘉義農業專科學校農業經濟科,後改制為國立嘉義技術學院農業經濟科。民國八十九年八月與國立嘉義師範學院合併成立國立嘉義大學,本系轉隸新成立的管理學院,並改名為應用經濟學系。
本系目前有專任教師7名,包括:教授3名、副教授1名、助理教授3名。為充實師資並提升教學研究水準,本系除由鄰近國立大學延聘多位兼任資深教授、副教授,以配合教學需要外,亦戳力於延聘國內外經濟相關領域,且具博士學位老師。
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