近年來政府積極建立研究型大學，以期能在科技及學術研究領域上佔有一席之地，但在我國最有發展潛力的中草藥相關科技上，卻罕有投資相關的經費與研究資源於其中，而在中草藥相關資源充沛的南台灣地區，卻沒有一個有規模有、制度的完整研究中心，本校位於資源充沛的嘉南平原上，附近擁有廣大的中草藥生產、行銷等資源，本校期以建立一個完整的研究中心，提高中草藥研究的深度與廣度、整合業界及透過產學合作建立完整的中草藥生物科技研究團隊，進以提昇台灣的中草藥生物科技的水平，帶領台灣整體生物科技產業擠身國際。
實行方法：
建立相關實驗室
一、藥材基源研究室
基源鑑定室：
1.形態學之鑑定(Morphological identification)
顯微鏡等儀器
電腦掃描、照相等高解析度printer
2.分子生物之鑑定(Molecular biology identification)
PCR等儀器、DNA finger printer
(亦可提供GMO及non-GMO食品鑑定服務)
3.化學成分之鑑定(Chemical component identification)
標本製作室
標本乾燥烘箱
粉碎機
自動切片機
冷凍切片機
標本儲藏室(humidity control)
控制溫、溼度之大型儲藏室
標本展示室
二、資訊圖書室
1.圖書相關書籍(國內外、兩岸)
網路資訊整合
歷代本草書籍
植物學－全省、各國，與中研院植物所結合
藥理、生化、分生、天然物化學等工具書籍
食品加工、藥品製劑
三、材料前處理室
材料前處理：洗滌、切
材料乾燥：冷藏、冷凍、常溫
材料儲藏室
材料處理(粉碎、切片、炮製)
四、 萃取室
冷浸、溫浸
超臨界流體萃取
蒸餾
冷凍乾燥
薄膜濃縮機
粉碎機
均質機
離心過濾機
離心機
超薄膜過濾機
附：低溫操作室(酵素、蛋白質、多醣類萃取)、溶媒儲藏室
五、天然物化學研究室
六、天然物化學合成室
七、天然物分析研究室
中藥品質管制、成分分析及儀器分析
八、藥理活性實驗室
研究重點：癌(cancer)、中風(stroke)、感染(抗生素)、消炎(COX-2)、Nutrition supplement
體外實驗(in vitro)-細胞生物研究室、細胞培養室、抗生素研究室、分子生物研究室
體內實驗(in vivo)-動物實驗室、藥理實驗室、免疫實驗室、生化實驗室
九、生理實驗室
十、毒理實驗室
十一、藥物動力學研究室
藥物代謝研究室
kinetic 消化、吸收、代謝、血中濃度 (藥物動力學人才)
十二、產品開發改良室
健康食品、精緻農業、養生產品、飲料、添加料、佐料
營養補充食品─膠囊、錠劑、糖漿 (製劑人才)
噴霧乾燥機、冷凍乾燥機、流床式造粒機、整粒機、膠囊充填機、打錠機、軟膠囊充填機、乳化機、糖衣機、製丸機
十三、藥用植物園
設立教學及研究藥園。
十四、中藥教育中心
開設中草藥教育學程並舉辦中草藥相關技術之研討會。
十五、中藥組織培養研究室
研究各種中草藥之組織培養方法及品質管制，開發新藥效活性天然物之組織培養條件和繁殖方法。