文物館分三區：入口大廳(中間)、藝品暨數位資源展示室(左間)及特藏室(右間)。
入口大廳
展示各種榮譽勳章、證書以及副總統當選證書等。
藝品暨數位資源展示室
以日晷、嘉義市空照圖及嘉義市花設計展間地板，且多元地呈現蕭前副總統一生的行政事蹟；地上之立體圓弧展示分為四區：以出生嘉義、擔任財經重要官職、出任行政院長及當選第十二任副總統等四階段來呈現。此展間亦有大型觸控電腦及多媒體播映室，互動化設計展示數位化文物館的資料並可播映蕭先生生平的影音資料。
特藏室
陳列蕭萬長先生參與之各項活動的相片記錄、新聞稿、演講稿、新聞剪輯及重要會議紀錄等，其間亦展示各種榮譽學位服飾及重要書畫、藝品。