鑑於中小企業發展資源有限，企業升級與轉型不易，本中心藉由提供有效之產、官、學界合作平台，協助具潛力之技術團隊及經營者與本校師生共同合作，並提供培育空間、行政協助、專業技術、設備及人力支援與商務管理諮詢與行銷規劃等服務，以降低廠商創業過程與研發轉型之初的投資風險，進而增加企業永續經營之競爭力。另一方面，為塑造有效之廠商培育環境，提供中小企業從創意、創新到創業等不同階段的各項育成服務，配合廠商需求給予專業技術產業資訊及完整商務經營規劃服務，並協助取得各項政府輔導與補助資源，並積極媒合同、異業結盟與上下游垂直產業鏈之整合，進而協助廠商發展完善的產業經營環境與集體商務作戰能量，期能在最短時間輔導成具國際競爭力之全球化經營企業，並強化國際育成企業之合作為目標。
中心育成工作，將著重於精緻農業(農、漁、畜牧與食品加工)與生物科技(保健食品、化妝品)產業與為主要核心培育領域，整合雲、嘉、南二縣二市與鄰近工業區及產業園區之廠商整體產業技術升級與市場行銷輔導，結合嘉義產業創新研發中心，並吸引更多有潛力、創意的教師與校友企業團隊投入跨領域共同合作研發，結合中央與地方政府資源以協助相關產業技術升級與永續經營，為地方創造更優質的產業經營輔導與技術支援環境，以活絡地方經濟發展與增加更多就業機會與政府稅收，推動產業發展並鏈結西部科技走廊，打造與全球產業脈動同步，打造國際合作之平台。